يعد قسم المخابر من الأقسام المساعدة الهامة في المستشفى حيث يقوم بتوفير خدمات مخبرية مميزة ذات جودة ومصداقية عالية باستخدام مجموعة من الأجهزة المخبرية الآلية الحديثة, وذلك بإشراف مجموعة من الاختصاصيين والفنيين المميزين مما يسهم في تقديم أفضل النتائج للمرضى داخل و خارج المستشفى. ويتألف القسم مما يلي  :

- الاستقبال والسكرتارية : ويقوم باستقبال المرضى من داخل وخارج المستشفى وتسجيل نتائج الفحوص المخبرية وأرشفتها للعودة إليها عند اللزوم. كما يقوم بتنظيم الإحصائيات المخبرية المتنوعة وإجراء التعاملات مع شركات التأمين والإحالات. 

- سحب الدم : وذلك للمرضى الخارجيين ومرضى القبولات الجراحية والقثطرة.

- شعبة المخبر الإسعافي : تجرى في هذا المخبر كافة التحاليل المخبرية الإسعافية على مدار 24 ساعة يومياً. 

- شعبة المخبر الكيماوي : يتم في هذا المخبر إجراء التحاليل الكيميائية والهرمونية والمصلية بأحدث الأجهزة الآلية. 

- شعبة المخبر الدموي : تجرى فيه كافة التحاليل الدموية والتخثرية.

- شعبة مخبر الأحياء الدقيقة : تجرى فيه كافة التحاليل الجرثومية والطفيلية.

- شعبة مصرف الدم : يؤمن المصرف كافة وحدات الدم ومشتقاته (وبشكل آمن) لمرضى الهيئة. 

- وحدة بنك الدم : وتقوم بإجراء عمليات سحب الدم من المتبرعين الخارجيين.

- مستودع خاص بالمواد والتجهيزات المخبرية.

بعض الإجراءات الأخرى التي يقوم بها المخبر وهي :

- التدريب والتأهيل : يقوم اختصاصيو القسم بالإشراف على تدريب وتأهيل الطلاب المقيمين للاختصاص للبورد الوطني وعدد من طلاب المعاهد المتوسطة المخبرية وكلية العلوم. 

- أعمال ضبط العدوى : يتم أخذ مسحات جرثومية من كافة أقسام الهيئة لضمان التعقيم المثالي وإجراء فحوص مخبرية دورية لعمال المطبخ والخدمات الأخرى.

- إجراء الدراسات الخاصة : وذلك على العديد من المواد والأجهزة المخبرية لاستكمال تسجيل هذه المنتجات في وزارة الصحة.